La problemática de estas cubiertas se centraba en los desprendimientos de elementos decorativos, en el deterioro de la ornamentación y en la presencia de algunas grietas. Si la primera fase comprendió la restauración del presbiterio y las cubiertas, la segunda, incluida en el Plan Nacional de Catedrales, abarcó la restauración de los brazos, la bóveda central y la bóveda del coro.

Todas las acciones llevadas a cabo no sólo respetaron los valores históricos del edificio sino también su coherencia constructiva. Esta intervención recibió, en el año 2009, el Premio “Ciudades Patrimonio de la Humanidad".